Eckstedt liegt im Südosten des Thüringer Beckens im Landkreis Sömmerda.
Die Gemeinde gehört zur Verwaltungsgemeinschaft "An der Marke",
bestehend aus den Gemeinden
Schloßvippach, Markvippach, Eckstedt, Sprötau und Vogelsberg.
Historisch und regional bedingt, bestehen infrastrukturelle Verflechtungen mit Schloßvippach, Markvippach und auch mit Udestedt. Verkehrstechnisch ist Eckstedt sehr gut an die Autobahnen A71 (10 Minuten mit dem Auto) und A4 (15 Minuten mit dem Auto) angebunden. Das Dorf liegt zentral im Städtedreieck Erfurt-Weimar-Sömmerda. Jede der drei Städte ist in 15 Minuten mit dem Auto zu erreichen.